PROSITE entry PS51081

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS51081
Entry name [info]	ZF_SIAH
Accession [info]	PS51081
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-FEB-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51081
Associated ProRule [info]	PRU00455

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger SIAH-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3849263; R2=0.0085326; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4587.2543945; R2=2.9152544; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=776; H_SCORE=6849; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=483; H_SCORE=5995; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M= 14, -3,-10, -7,  0,-19, -8,-13,-18, -2,-20,-14,  1,-11, -1, -7, 17,  9, -9,-29,-17, -1;
/M: SY='V';  M=  4,-22,-18,-26,-21, -5,-17,-23, 16,-21,  9,  7,-18,-22,-18,-21, -7, -3, 18,-25,-10,-21;
/M: SY='L';  M= -5,-13,-23,-15, -3,-10,-22, -8, -3, -4,  3,  3,-11,-16, -2, -1,-10, -6, -4,-22, -7, -3;
/M: SY='V';  M= -6,-28,-11,-32,-28, 21,-29,-24, 18,-24, 10,  6,-24,-28,-29,-21,-13, -4, 26,-17,  3,-28;
/M: SY='P';  M= -1,-16,-31,-11, -2,-26,-16,-18,-18, -9,-25,-16,-15, 57, -8,-15, -2, -4,-22,-29,-25, -9;
/M: SY='C';  M=-10,-19,107,-28,-29,-21,-24,-29,-31,-28,-21,-20,-18,-38,-28,-27, -9,-11,-11,-47,-29,-29;
/M: SY='K';  M= -4, -9,-28, -8, -1,-25, -9,-12,-23, 11,-22,-12, -6,  9,  0, 10, -3, -7,-19,-24,-18, -2;
/M: SY='H';  M=-12,  3,-25, -5,-10,  5,-17, 24,-11, -9,-13, -7, 13,-23, -6, -7, -6, -8,-18,-11, 23,-10;
/M: SY='A';  M= 25, -5,-12,-12, -7,-20, -7,-14,-13, -5,-14,-11, -3,-13, -4, -8, 10,  5, -5,-25,-17, -6;
/M: SY='K';  M=  0, -3,-19, -5,  1,-21,-12, -3,-18,  3,-19, -9, -1, -6, -1, -1,  2,  0,-13,-28,-13, -1;
/M: SY='Y';  M=-12,-11,-25,-13, -8,  5,-18, 15,-13, -9, -7, -4, -6,-21, -7, -7, -9, -9,-14, -6, 18, -9;
/M: SY='G';  M= -1,-10,-30,-10,-19,-29, 65,-19,-39,-17,-29,-19,  0,-20,-18,-15, -1,-19,-29,-20,-29,-19;
/M: SY='C';  M= -7,-19,113,-29,-29,-20,-28,-29,-29,-29,-19,-19,-19,-38,-29,-29, -9, -9, -9,-48,-29,-29;
/M: SY='T';  M=  0, -7,-17, -9, -3,-19,-15,-13,-15, -2,-13, -8, -6,  0, -3, -4,  2,  7,-11,-27,-15, -4;
/M: SY='E';  M=  1, -3,-23, -1, 11,-21,-14, -6,-16,  0,-14,-10, -5,-12,  1, -6, -1, -7,-11,-21,-12,  6;
/M: SY='R';  M= -8, -7,-22,-12, -6, -9,-20,-11,-11,  7,-13, -5, -1,-16, -3, 10,  1,  6, -7,-21, -4, -6;
/M: SY='I';  M= -9,-24,-20,-29,-23, 13,-29,-20, 16,-23, 15,  9,-20,-20,-22,-19,-14,  1, 15,-18,  3,-23;
/M: SY='P';  M=  3,-11,-22,-12, -7,-17,-13,-10,-12,-12,-16,-11, -8, 16,-10,-15,  4,  3, -9,-28,-15,-10;
/M: SY='Y';  M=-19,-18,-29,-19,-17, 21,-29, 21, -2,-10,  0,  1,-17,-28, -7, -7,-18,-10, -9, 17, 62,-16;
/M: SY='A';  M=  4, -7,-15,-11, -9,-14,  2, -4,-19,-12,-16,-10, -4,-17, -6,-13,  3, -1,-13,-21, -8, -8;
/M: SY='D';  M= -9, 16,-22, 17, 16,-26,-10, -3,-25,  5,-21,-16, 14,-13,  5,  0,  0, -6,-24,-32,-17, 10;
/M: SY='K';  M=-10, -9,-26, -9,  4,-19,-22, -9,-11, 14, -9,  0, -7,-15,  6, 14, -9, -8, -8,-23, -9,  4;
/M: SY='S';  M= -3, -1,-22,  0,  1,-17,-16, -9,-15, -4,-10,-10, -3, -7, -4, -4,  2,  2,-11,-28,-13, -2;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='E';  M=  4,  1,-22,  2,  9,-21, -8,-11,-21,  0,-20,-16,  0,-10,  1, -7,  6,  0,-16,-15,-14,  5; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='E';  M= -9,  6,-29, 14, 49,-28,-20, -1,-27, 10,-18,-17, -1, -3, 18,  3, -2,-10,-27,-28,-18, 34;
/M: SY='E';  M= -1,  0,-25,  1, 15,-26,-17, -7,-21, 14,-17,-10, -3,-10, 11,  9, -3, -7,-16,-24,-14, 13;
/M: SY='A';  M=  7, -5,-19, -6,  1,-19,-11,-12, -9, -7,-10, -8, -7,-14, -2, -9,  3,  0, -3,-27,-15, -1;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -6, -6,-27, -4,  6,-21,-14,-10,-15, -1,-15, -8, -5,  8,  0, -1, -3, -6,-16,-27,-17,  1;
/M: SY='Y';  M=-19,-19,-14,-24,-20, 33,-27, 21,-10,-20, -3, -2,-12,-28,-19,-13,-17,-13,-11, -1, 34,-20;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='R';  M=  7, -5,-18, -6,  3,-19, -7, -8,-20,  8,-17,-11, -1,-11,  2, 14,  5, -1,-12,-22,-14,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='P';  M= -8,-16,-30, -9, -1,-21,-16,-16,-13, -9,-19,-13,-16, 64, -9,-16, -9, -8,-21,-23,-22, -9; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='Y';  M= -6,-12, 10,-16,-15,  3,-18, -4, -3,-12, -3, -2,-12,-19,-11,-12, -6, -2, -1, -7, 14,-14; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='F';  M= -8, -8,-14,-10, -5,  3,-16, -5, -8, -5, -4, -4, -5,-15, -5,  1, -3, -1, -6,-14,  2, -5; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-25;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -7,-17,-28,-15, -8, -5,-17,-13,-13,-13,-18,-12,-14, 28,-12,-15, -3, -5,-15,-21, -9,-12;
/M: SY='C';  M= -9,-16, 55,-22,-15,-12,-28,-17,-16,-20,-11, -8,-17,-29,-17,-22,-11,-10, -8,-32,-11,-17;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='P';  M= -3,-17,-34,-11, -3,-27,-10,-18,-20, -9,-26,-18,-16, 63,-10,-15, -7, -9,-25,-27,-27,-10; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-24, -5,-11,-18, 19,-16,-20,-12,-18,-13, -1,-18,-14,-12,  0,-10,-13,-23,-18,-13; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='S';  M=  1, -5, -1, -5, -3,-17,-14,-14,-14,-10,-12,-11, -5,-10, -6,-11,  6,  2, -8,-31,-17, -5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='N';  M= -5, 10,-23, 11,  4,-25, 10, -6,-27, -2,-25,-18, 12,-14, -3, -3,  6, -5,-21,-29,-20,  1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='C';  M=-10,-20,103,-29,-29,-12,-29,-28,-27,-29,-18,-18,-19,-38,-29,-28, -9, -9, -9,-45,-25,-29;
/M: SY='N';  M= -1,  6,-22,  0, -4,-23,  8, -6,-24,  1,-24,-15, 15,-16, -4,  1,  5, -3,-20,-28,-18, -5;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='W';  M=-14,-27,-31,-29,-23, 26,-25, -9, -4,-17, -4, -6,-25,-23,-19,-16,-22,-14, -9, 48, 39,-21; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Q';  M=  7, -8,-19,-12, -3,-18,-15, -5,-10, -4,-11, -5, -6,-14,  8, -3,  5,  4, -7,-22, -8,  2;
/M: SY='G';  M=  2, -8,-26, -8,-16,-28, 56,-18,-36,-18,-30,-20,  2,-18,-16,-18,  8,-12,-26,-24,-28,-16;
/M: SY='S';  M=  5, -6,-13, -7, -7,-14, -5,-11,-16,-11,-16,-12, -3,-12, -9,-10,  9,  1, -9,-28,-14, -8;
/M: SY='Y';  M= -5,-17,-22,-19,-12,  2,-25, -8,  5,-14,  7,  3,-18,-18,-10,-14,-11, -1,  2,-10, 14,-12;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='K';  M=  5,  1,-21,  1,  4,-23, -8, -6,-21,  6,-20,-13,  1, -6,  1,  1,  4, -3,-14,-26,-15,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='D';  M= -2,  8,-21, 11,  4,-18,-13, -7,-15, -6, -9,-10,  2,-13, -1, -8,  0, -2,-12,-26,-11,  1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='L';  M= -6,-30,-22,-31,-23,  6,-28,-24, 19,-26, 29, 12,-29,-28,-22,-21,-24,-10, 15, -4,  0,-22;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Y';  M=-10,-13,-25,-13, -9,  0,-22, -4, -2, -7, -1,  3,-14,-15, -7, -9,-13, -8, -5, -1, 15,-10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M=  1,  4,-23,  4,  6,-26, -3, -4,-24,  0,-23,-15,  4, -6,  2, -3,  6, -3,-19,-29,-17,  3;
/M: SY='H';  M=-20, -2,-29, -2, -2,-15,-21, 94,-28,-11,-18,  0,  8,-21,  7, -1,-11,-19,-28,-28, 21, -2;
/M: SY='F';  M= -9,-26,-15,-30,-22, 25,-28,-17,  9,-25, 23,  8,-23,-28,-23,-19,-20, -6,  5, -9, 13,-22;
/M: SY='M';  M=  0, -8,-15,-12, -4,-14,-19,-10, -8, -2, -4,  1, -8,-16, -3, -1, -4,  1, -5,-24, -9, -4;
/M: SY='A';  M=  4, -2,-21, -3, -2,-20,-10, -7,-16, -3,-13, -9, -3, -9, -5, -5,  1,  0,-10,-27,-14, -5;
/M: SY='E';  M= -4,  2,-23,  2,  6,-23, -8, -6,-21,  1,-18,-11,  3,-12,  5,  3,  5,  4,-17,-28,-15,  5;
/M: SY='H';  M=-17,  0,-29, -1,  0,-20,-19, 95,-29,-10,-20,  0,  9,-20,  9, -1, -9,-19,-29,-30, 18,  0;
/M: SY='K';  M= -1,  0,-24, -1,  3,-23, -7, -5,-22, 10,-22,-11,  3, -8,  1,  2,  1, -6,-17,-25,-13,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_02 which contains 573'230 sequence entries.

Total number of hits	42 in 42 different sequences
Number of true positive hits	39 in 39 different sequences
Number of 'unknown' hits	3 in 3 different sequences
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	2
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	95.12 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	N_Hulo
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	SIAH-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	39 sequences DIS1_ORYSJ (Q10L91), RNF41_DANRE (Q7ZW16), RNF41_HUMAN (Q9H4P4), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	2 sequences SIAH3_HUMAN (Q8IW03), SINA6_ARATH (Q93WE4)
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	3 sequences RN151_BOVIN (Q2TBT8), RN151_HUMAN (Q2KHN1), RN151_MOUSE (Q9CQ29)
PDB [Detailed view]	12 PDB 1K2F; 2A25; 2AN6; 4C9Z; 4CA1; 4I7B; 4I7C; 4I7D; 4X3G; 5H9M; 5WZZ; 8HEO